遇到报关单与发票金额不一致的情况，尤其是在出口科威特时，贸促会（商会）认证可能会因此受阻。您当前面临的困境是，虽然报关时按实际货值申报，但客户要求降低价格，导致发票金额低于报关金额。贸促会退回资料，理由正是报关金额与发票金额不一致。这属于国际贸易中常见的“发票与报关单不符”问题，需要妥善处理。

首先，您需要了解科威特海关及贸促会对于发票金额与报关单金额不一致的具体规定。有些国家或地区可能允许在发票上注明实际成本，并附上报关单作为补充说明。您可以咨询贸促会的工作人员，询问是否可以提供书面说明或补充文件，来解释金额差异的合理性。例如，报关金额可能包含了运费、保险费、关税、佣金等，而发票金额可能仅指货值本身。

其次，您可以考虑与客户沟通，重新确认发票金额。如果客户坚持要低金额，您需要评估是否可以调整发票，以匹配报关金额。这通常需要与客户重新谈判价格条款。如果客户无法接受，您则必须坚持按报关金额开立发票，并准备好相关证明材料。

如果贸促会明确表示无法认证，您应整理所有证明文件，包括报关单、合同、信用证、运输单据等，详细说明金额差异的来龙去脉。有时，贸促会会要求您提供官方的运费发票或保险单据作为补充，以证明报关金额的合理性。最终，处理这类问题的关键在于提供充分的证据，证明发票金额与报关金额的差异是合法且符合贸易惯例的。