您提到的“未再加工证明”是国际贸易中常见的一种证明文件，通常由出口地的海关签发。其目的是证明出口的货物在出口国境内未经进一步加工，从而允许进口国在关税计算上给予优惠。对于您从香港出口到印尼雅加达的这批原材料，印尼海关要求提供此证明以享受东盟自由贸易区的关税优惠，这是完全合理的。

在通常情况下，“未再加工证明”是由出口地的海关（即香港海关）签发的。该证明文件会详细说明货物的来源、成分以及未经加工的声明。由于您的货物是从香港中转，因此香港海关是负责签发此证明的机构。

您现在最关心的是，当货物已经离港后，是否还能补办这份“未再加工证明”。这是一个关键问题，因为一旦货物离港，出口流程就已经基本完成，补办证明会变得复杂。

通常情况下，一旦货物已经离港并进入下一个环节（如中转或进口），补办原出口地的海关证明会非常困难，甚至可能无法实现。这是因为海关的证明是基于货物在出口时的状态和文件记录。如果货物已经离开，再要求出口地海关补发，需要提供额外的证据和理由，流程会非常繁琐，且可能不被接受。

为了确保您的印尼客户能够顺利清关并享受关税优惠，最稳妥的做法是，在货物离港前就及时、准确地完成所有海关手续，包括获取并提交“未再加工证明”。如果确实因为某些不可抗力因素导致货物离港后才发现需要此证明，您应立即联系香港海关的官方渠道，详细说明情况，并咨询他们是否有可能通过特殊程序处理。不过，请务必注意，这通常需要提供充分的证明材料，并可能需要支付额外费用，且结果无法保证。