印尼FORM E产地证的签发机构已经从传统意义上的海关转变为贸促会。目前，绝大多数情况下，出口商需要向印尼贸促会（BPS）申请并获取FORM E。

关于版本问题，印尼FORM E经历了从旧版到新版的过渡。旧版通常由印尼海关直接签发，而新版则由印尼贸促会（BPS）签发。因此，目前市场上主要流通的是由贸促会出具的新版。

两者在流程、申请要求、费用以及法律效力上存在显著差异。旧版（海关版本）的申请流程更为复杂，通常需要出口商直接与印尼海关机构联系，并可能需要更详细的单据。而新版（贸促会版本）则通过贸促会统一受理，流程更为标准化和便捷。费用方面，贸促会版本通常比旧版更透明，且可能包含更多附加服务。在法律效力上，只要贸促会版本符合相关法规，其效力与旧版海关版本是等同的，均被印尼海关和进口国海关所认可。

总结来说，对于需要向印尼出口商品的出口商而言，目前必须使用由印尼贸促会（BPS）出具的新版FORM E。旧版海关版本已不再被普遍接受。贸促会版本简化了申请流程，降低了操作难度，并且通常能提供更稳定和可靠的服务，因此是当前市场的主流选择。