您提出的问题很常见，也是出口业务中一个关键点。关于FORM E（原产地证）上的金额是否可以做低，需要从几个方面来分析。首先，FORM E金额原则上应与实际出口货值相匹配。这是为了确保贸易数据的准确性和海关监管的有效性。

FORM E作为证明货物原产地的官方文件，其上的商品描述、数量、单价和总金额等关键信息，通常需要与出口发票、提单等单据保持一致。如果这些信息存在显著差异，进口国海关可能会对货物的真实性产生质疑，甚至可能触发后续的稽查。

客户要求将FORM E上的金额做低，通常是为了在进口国享受更低的关税或更优惠的税收政策。例如，有些国家或地区对特定商品有普惠制关税，或者对特定国家/地区有优惠关税。通过在产地证上显示一个较低的价值，进口商可能能够将商品归类到享有更优惠税率的类别。然而，这种做法也带来了风险。如果海关发现申报价格低于实际价值，可能会被认定为倾销或规避关税，从而面临罚款、货物扣押或退运等后果。

关于您最关心的退税问题，中国的出口退税政策与报关单（包括发票金额）紧密挂钩。如果FORM E上的金额与发票金额不一致，特别是当FORM E金额显著低于发票金额时，这很可能被视为异常数据。这会触发税务部门的预警系统，导致您的出口退税被列入重点审核范围。审核过程可能会非常严格，甚至可能导致退税被延迟处理或不予批准。

综上所述，虽然理论上存在一些特殊情况下可以调整金额以符合进口国的关税政策，但从风险控制的角度来看，保持FORM E金额与实际出口货值一致是最佳选择。这样做可以避免不必要的海关和税务稽查，确保出口退税的顺利办理。如果客户坚持要求做低，建议您谨慎处理，并可能需要向客户解释潜在的法律和财务风险。在操作时，可以尝试在产地证上使用一个介于两者之间的合理金额，或者与客户协商，由他们自行在进口环节处理关税问题。最终，为了确保业务的合规性和可持续性，建议咨询专业的报关或税务顾问，以制定最稳妥的方案。