您好，关于您提到的印尼政府是否接受贸促会出具的FORM E产地证问题，这是一个很常见且重要的问题。通常情况下，印尼政府是接受由贸促会（印尼贸促会）或印尼其他官方机构（如印尼标准局BPS）出具的FORM E的。特别是当出口商本身没有在印尼海关完成注册备案时，贸促会作为官方机构出具的FORM E是印尼海关认可的。

您的情况是公司“在海关没有注册备案”，但“在贸促会有注册备案”，并且之前也办理过原产地证。这表明您的公司可能通过贸促会作为代理来处理出口事宜。在这种情况下，贸促会出具的FORM E是符合印尼海关要求的，因为贸促会本身是印尼官方授权的机构，有权为非注册出口商出具FORM E。

需要注意的是，虽然贸促会出具的FORM E通常被印尼海关接受，但为了避免任何潜在的清关延误，建议您在发货前，可以主动与印尼客人的清关代理或直接与印尼海关（例如通过他们的在线系统或官方渠道）进行确认。这可以确保FORM E的格式、内容和出具方都完全符合印尼海关的最新要求。

总结来说，您完全可以放心地由贸促会为您办理FORM E。贸促会出具的FORM E是印尼政府（海关）接受的，这可以有效帮助您的货物顺利清关提货，避免因文件问题导致的时间损失。建议您在向客户交付文件前，最好能先确认一下，但通常情况下，贸促会出具的FORM E是完全没有问题的。