在处理原产地证时，对于您提到的“目的港”和“目的地”不一致的情况，以及“运输方式”的填写，需要遵循国际贸易的通用规则。通常，原产地证上的目的地字段应填写货物的最终目的地，即最终消费者或用户所在的国家或地区。因此，即使提单上可能显示了一个中转港口，原产地证也应明确填写最终目的地，即加拿大。这有助于确保货物能够顺利清关并到达其最终目的地。

至于运输方式，原产地证上应与提单上所列的运输方式保持一致。如果提单明确注明了具体的运输方式，例如“海运”或“空运”，那么原产地证也应相应填写。如果涉及多式联运，通常以主要的或最终的运输方式为准。例如，如果货物从中国运往加拿大，可能先通过海运到温哥华，再通过陆运或空运到最终目的地，那么原产地证上应主要反映主要的运输方式，或者根据实际情况填写，但必须与提单信息一致，以避免海关质疑。