关于出口印尼办理FORM E产地证是否需要工厂备案，这是一个常见的问题。通常情况下，办理FORM E产地证确实需要工厂进行官方备案。这个备案过程通常意味着工厂需要在印尼海关进行注册，以证明其符合印尼的出口标准和法规。这为开具FORM E提供了官方依据。

如果工厂没有完成备案，那么直接开具FORM E产地证可能会遇到困难。因为FORM E产地证需要包含工厂的官方声明，证明货物是在印尼境内生产或加工的。如果工厂没有在海关备案，其开具的声明将缺乏官方认可，可能不被印尼海关或进口国认可。因此，工厂备案是确保FORM E产地证有效性的关键步骤。

对于您提到的工厂不愿配合的情况，目前看来，没有官方备案的工厂很难通过常规渠道获得有效的FORM E。通常，印尼海关要求出口商提供工厂的官方注册文件，以验证其资格。如果工厂不配合，出口商可能需要与海关进行沟通，看是否存在特殊或紧急情况下的替代流程。但在大多数标准操作下，没有工厂的官方备案，是无法完成FORM E的申请的。建议您与工厂管理层进行更深入的沟通，明确其不愿备案的原因，并探讨是否有其他解决方案或替代的产地证类型。