您的问题核心在于办理FORM E产地证时，海关和外贸公司之间的角色分工以及HS编码的匹配问题。首先，FORM E产地证通常由出口商（即产品生产方）向其所在地的海关申请办理。海关要求出口商提供其产品的详细资料，包括HS编码。当出口商通过一家外贸公司出口时，外贸公司作为代理，其自身并不生产产品，因此不能直接办理以出口商名义签发的产地证。

北京的外贸公司声称“HS编码不在产地证明细中”可能存在几种情况。一种情况是，外贸公司可能将HS编码理解为仅适用于其自身业务，而忽略了出口商的详细产品清单。另一种情况是，外贸公司可能混淆了“产地证明细”和“出口商备案信息”。实际上，产地证的办理需要出口商提供其所有产品的详细HS编码清单，并经过海关审核确认。如果外贸公司提供的清单不完整或不准确，海关自然会要求出口商补充信息。

关于“海关现在取消十位数的编码了吗？”这个问题的答案是否定的。目前，马来西亚等许多国家仍然使用十位数的HS编码（即HS编码）。然而，有时海关系统或外贸公司系统可能将HS编码与不同的产品描述或税则号关联。如果北京的外贸公司系统中的产品分类与出口商提供的分类不匹配，就会出现编码不匹配的情况。这通常需要出口商重新核对产品信息，并可能需要提供更详细的技术说明或产品图片以辅助海关核验。

那么，现在应该怎么办呢？建议出口商（即原始公司）首先与北京的外贸公司进行更清晰的沟通。明确告知对方，办理FORM E产地证是出口商的法定责任，外贸公司作为代理，应协助并提供必要的资料。同时，出口商应主动向其所在地的海关咨询具体要求，并准备好完整的HS编码清单和产品资料。如果外贸公司仍然以编码不匹配为由拒绝，出口商应考虑直接联系马来西亚海关或其指定的签证机构，以获取更权威的指导。最终，确保提供的产品信息与海关要求完全一致是解决问题的关键。