对于您提出的问题，答案是肯定的。公司必须保留一份原产地证副本作为公司存档。这是国际贸易中一个重要的文件管理原则。

公司保留原产地证副本有以下几个关键原因：首先，这是合规要求。许多国家的海关和贸易监管机构可能会要求企业提供相关证明，用于核查或审计。其次，它作为法律依据，在处理贸易纠纷或法律问题时，可以提供有力的证明材料。最后，它也是公司自身业务记录的一部分，有助于追踪和验证过往的交易活动。

为了妥善管理这些文件，公司应建立规范的档案管理制度。建议将所有原产地证（包括正本和副本）按照客户、合同号或货物批次进行分类归档。保存期限通常根据相关法律法规和公司内部规定，一般建议至少保存5至10年，以备不时之需。同时，应确保档案的存放环境干燥、安全，避免文件受潮或损坏。

总结来说，即使客户要求您将正本和两份副本都寄给他们，您公司仍需保留一份副本。您可以将客户要求的那份副本寄出，而将另一份副本作为公司留底，妥善存放在您的档案系统中。这样既能满足客户需求，也能确保公司自身有完整的文件记录。