对于您提出的问题，通常情况下，使用中澳FTA产地证来证明从香港起飞的航班是不被允许的。中澳FTA产地证的核心目的是证明货物是从中国原产地出发的。如果货物在进入澳大利亚之前，已经从中国运抵香港并在此进行转运，那么它就不再符合“从中国出发”的产地要求。这可能会导致清关时遇到问题。

具体来说，这会对客户的清关流程和关税优惠产生显著影响。首先，海关官员在查验货物时，可能会对货物的运输路径产生疑问。他们可能会要求提供额外的证明文件，例如，香港的产地证明或更详细的货物转运记录。如果无法提供有效证明，货物可能被拒绝入境。其次，更关键的是关税优惠。如果产地证无效，货物将无法享受中澳自由贸易协定下的优惠关税待遇，而可能需要按照普通进口货物的税率缴纳更高的关税，这无疑会增加客户的整体成本。

那么，如果货代坚持从香港起飞的方案，客户应该怎么做呢？最稳妥的做法是，在货物从深圳运往香港后，为货物重新办理香港的产地证明。例如，可以申请香港出口商协会签发的产地证。这样，在从香港运往澳大利亚时，使用香港的产地证来申请关税优惠，是符合规定的。当然，这也意味着需要重新计算关税，并可能产生额外的文件处理费用。

总结来说，直接使用中澳FTA产地证来证明从香港起飞的航班是不合规的。为了确保清关顺利并享受关税优惠，必须根据实际的货物出发地来选择正确的产地证。建议与货代和客户沟通，明确运输路径，并相应地选择最合适的产地证明文件，以避免后续的清关风险和关税损失。