FORM E产地证上通常应填写出口国的海关编码（HS编码），而不是进口国的海关编码。这主要是因为优惠原产地证（如FORM E）的核发和审核，主要依据的是出口国的原产地规则。客户要求将HS编码更改为进口国（如泰国）的编码，这通常是不被允许的，因为这可能被视为试图规避出口国的原产地规定，以获取不当的优惠待遇。

如果坚持使用客户指定的进口国HS编码，可能会产生以下严重影响：

法律与合规风险：这可能被视作伪造或篡改原产地证明文件，属于严重违反国际贸易法规的行为。一旦被海关发现，货物很可能会被直接扣留，企业可能面临高额罚款，甚至被列入不良记录，影响未来的国际贸易。

关税与清关问题：海关在审核时，会严格核对原产地证上的HS编码与报关单、商业发票上的HS编码是否一致。如果出现不一致，海关有权重新评估关税，并可能拒绝给予任何关税减免，导致货物无法正常清关。

因此，对于您遇到的情况，正确的做法是坚持使用出口报关时申报的、符合出口国原产地规则的HS编码。您应该向客户清晰、专业地解释原产地证的法律效力以及使用错误编码的后果，并建议他们与泰国的海关或相关贸易促进机构核实其具体要求，以避免不必要的风险和损失。