对于您提出的问题，即原产地证在广东办理，是否适用于您在上海市的出口业务，答案是：通常可以。核心在于原产地证所证明的货物原产地，而非出具证书的地理位置。只要证书内容真实、合规，且符合澳大利亚海关的审单要求，理论上，无论证书是在上海还是广东签发，都应被认可。

然而，从长远和合规角度考虑，您公司目前尚未在商检局完成注册备案，这可能会带来潜在风险。根据中国海关总署的规定，出口企业需要先完成备案，才能直接申领原产地证。通过代理机构办理，虽然可以绕过自身备案的环节，但这属于一种变通方式。代理机构会作为您的代理，代表您完成所有必要的申报和签发流程。

您在网上难以找到上海本地的代理机构，可能是因为广东作为我国重要的出口加工基地，其代理服务市场更为成熟和集中。许多代理机构更倾向于为广东及周边地区的客户服务，因为业务量更大、更熟悉当地流程。这并不意味着上海没有代理，只是选择可能更少。

如果您希望未来办理更便捷、成本更低，最理想的解决方案是先完成公司的注册备案。具体步骤通常包括提交公司营业执照、组织机构代码证（或统一社会信用代码）、法人代表身份证明等文件。一旦完成备案，您就可以直接向海关申请，大大简化流程。如果目前时间紧迫，通过广东的代理机构也是一个有效的选择，只需确保您向代理提供所有必要的单据和信息，如出口合同、发票、装箱单等，并支付相应的代理费用。

总结来说，广东出具的产地证完全可以用于您从上海出口到澳大利亚的货物。通过代理办理是当前最直接的方式。建议您评估自身情况，如果时间允许，优先完成备案；如果时间紧迫，则通过代理机构快速获取证书，确保货物顺利通关，享受零关税待遇。