您观察到的这种情况确实存在，不同机构在处理CO（Form E）产地证时，系统对海关编码的显示方式可能有所不同。贸促会系统可能为了更精确地匹配HS编码，会完整显示8位或10位编码，而出入境检验检疫局（现通常称为检验检疫机构或海关总署所属的检验检疫机构）的系统中，可能默认只显示前4位一级类目代码。这主要是由于系统设计或内部操作习惯的差异，并不影响CO证本身的效力。

需要明确的是，CO证上显示的海关编码通常指的是HS（商品名称及编码协调制度）编码。贸促会系统显示8位或10位，是因为HS编码有完整版本。而检验检疫局系统可能简化为4位，即HS编码的前4位，代表商品的一级类目。例如，HS编码“8421.10.00”可能被显示为“8421”。海关编码的具体位数，更多是系统层面的显示问题，而非CO证有效性的判断依据。

因此，对于您的情况，可以得出结论：商检局的CO产地证海关编码只显示4位是一种常见的系统显示方式，属于正常现象。您无需担心，只要CO证上其他信息（如证书编号、签发日期、签发机构等）完整且正确，并且该证书在出口时能够被进口国海关接受，那么这个CO证就是有效的。如果后续在出口报关时遇到问题，可以咨询签发该CO证的检验检疫机构，以获取进一步的说明或支持。