您提出的问题非常关键，也是许多出口商在处理泰国清关单据时容易忽略的细节。简单来说，您的担心是正确的。在泰国清关，单据上的抬头信息必须保持一致，否则确实会影响清关流程，甚至可能导致关税减免的失败。

首先，我们来明确几个概念。提单上的发货人（Shipper）是货物出口的源头，而FORM E（泰国原产地证明书）上的出口商（Exporter）是官方认定的负责出口该货物并享受关税优惠的实体。这两者的信息必须完全匹配，否则会引发海关的质疑。

您目前的情况是，提单上的发货人是您公司，但FORM E上却填写了代理公司的信息。这造成了单据抬头的不一致。从泰国海关的角度来看，这属于单据不符（Discrepancy），具体来说就是FORM E抬头与提单发货人信息不匹配。一旦海关在审核时发现这一差异，他们可能会：

• 要求您提供额外的解释文件或证明，这会导致清关的延误。
• 如果无法证明其合法性，可能会拒绝货物入关，导致整个订单的损失。

对于关税减免而言，泰国海关会根据FORM E上的出口商信息来确认货物的原产国和适用税率。如果FORM E上的出口商与实际发货人不一致，海关可能认为该产地证无效，从而无法享受原产地优惠，导致您需要支付更高的关税。

因此，对于您已经发货但FORM E抬头与提单不一致的情况，建议您立即与代理公司沟通，并尽快联系您的泰国客户，向他们解释情况。虽然可能需要一些额外的工作来证明单据的合法性和一致性，但这是避免后续清关风险和关税纠纷的必要步骤。在未来的业务中，务必确保所有出口单据的抬头信息完全一致，这是保障顺利清关和享受关税优惠的基础。