关于海关和贸促会签发的RCEP原产地证，虽然两者都用于证明货物符合RCEP协定下的原产地规则，从而享受关税优惠，但它们在签发机构、适用范围和申请流程上存在一些关键区别。

首先，我们来看由海关签发的RCEP原产地证。这是最常见的一种，由中国的海关总署或地方海关机构直接签发。对于出口到日本等主要贸易伙伴，海关证通常是被要求的首选。其特点是官方性较强，直接与海关的电子管理系统（如原产地证书电子管理系统）对接，申请和审核流程相对高效。它主要用于证明货物原产于RCEP成员国，以获得出口到日本等国的优惠关税待遇。

其次，由贸促会（中国国际贸易促进委员会）签发的RCEP原产地证，则由贸促会系统处理。虽然它也具有官方效力，但通常用于一些特定的贸易场景或当海关系统无法直接处理时。贸促会证同样有效，但有时在某些国家的海关审查中，可能需要额外说明签发机构。它也适用于证明货物原产于RCEP成员国，以享受关税优惠，尤其是在出口到RCEP协定内的其他成员国时。

总的来说，对于您主要出口到日本的情况，海关签发的RCEP原产地证通常更受日本海关的优先认可。因为日本海关系统通常与中国的海关电子系统有直接对接，能够快速验证证书的真实性。贸促会签发的证书虽然也有效，但在某些情况下可能需要额外步骤来证明其与RCEP协定的关联性。

在实际操作中，建议您优先选择由海关签发的原产地证。如果您遇到任何问题，可以咨询日本海关或您的贸促会机构，以获取更具体的指导。确保您的证书信息准确无误，是顺利通关的关键。