首先，您遇到的情况非常普遍。FORM E产地证是由中国海关总署签发的，用于证明货物原产于中国。由于香港和内地在海关和检验检疫体系上是分离的，因此香港公司无法直接向中国内地商检局申请办理FORM E。商检局工作人员的回答是基于这一法规和体系差异。

那么，香港公司应该如何处理呢？最直接有效的方法是，由负责生产货物的中国内地供应商来办理FORM E。您可以将香港公司作为委托方，委托大陆供应商在办理FORM E时，将您的香港公司信息作为出口商信息填写。这样，大陆供应商会以香港公司的名义向中国商检局申请并签发FORM E，从而满足泰国客户的要求。

除了FORM E，香港公司还可以考虑使用香港标准格式（HSF）的产地证，即通常所说的FORM H。FORM H是由香港海关签发的，用于证明货物原产于香港。如果您的客户只是需要一份产地证明文件，FORM H可以满足要求。但是，如果客户明确要求的是证明货物原产于中国的FORM E，那么FORM H将无法替代。在处理时，需要明确向客户说明这两种产地证的区别，以避免误解。

总结来说，对于香港公司而言，处理FORM E问题的关键在于与生产环节的中国供应商进行有效沟通。建议您立即与您的中国供应商联系，明确告知其需要为其办理FORM E，并说明您作为香港公司的身份和所需信息。通过这种方式，可以顺利解决客户对FORM E产地证的要求，确保出口贸易的顺利进行。