您好，根据中国与瑞士签订的自由贸易协定（FTA），中国贸促会（中国国际商会）作为中国的官方机构，完全有权并可以出具FORM S产地证。因此，您客户所说的，瑞士海关只认可贸促会出具的FORM S产地证，这一说法是正确的。

贸易协定中通常会明确指定一个或多个官方机构（OAI）来签发特定的原产地证书。对于中瑞FTA，协定中明确将中国贸促会列为官方机构之一。这意味着，当货物出口到瑞士时，使用贸促会出具的FORM S，可以确保符合瑞士海关的官方要求，避免因证书来源问题导致的清关延误或拒收。

与海关直接出具的证书相比，贸促会出具的FORM S通常具有更高的专业性和效率。贸促会通常会对出口商进行预审，确保其符合原产地规则，并且处理流程可能更快。此外，贸促会作为国际公认的机构，其出具的证书在许多国家都享有较高的信誉。

综上所述，为了确保您的货物能够顺利通过瑞士海关，并享受自由贸易协定下的优惠关税，强烈建议您向中国贸促会申请出具FORM S产地证。在申请前，建议您咨询贸促会当地分会的具体要求，以确保所有信息准确无误。