在中巴自由贸易协定（中巴FTA）下，原产地证（产地证）的签发需要严格遵循相关条款。关于您提到的中巴FTA产地证与提单收货人不一致的问题，根据中巴FTA的规定，产地证上的收货人信息应与提单上的收货人信息保持一致。如果存在不一致，可能被巴基斯坦海关视为原产地证明不符，导致货物被拒绝通关或需要重新办理产地证。因此，通常情况下，产地证与提单上的收货人信息必须匹配。

具体来说，中巴FTA原产地证上的收货人应与提单上的收货人一致，这是确保货物享受FTA优惠关税的关键条件。如果产地证上显示A公司，而提单上显示B公司，海关在查验时可能会质疑货物的实际收货人，从而影响原产地资格的认定。虽然部分情况下可能存在例外，但为了规避风险，建议保持一致。如果客户坚持不一致，可能需要与巴基斯坦海关进行沟通确认，但一般建议避免。

对于贸易方式为EXW（工厂交货）的情况，提单上的收货人通常由买方（即B公司）指定。EXW下，卖方负责将货物交至工厂，买方负责安排运输。因此，提单上的consigee可以写B公司（买方）。如果客户要求产地证上显示A公司，而提单上收货人是B公司，那么产地证上的收货人也应写B公司，以确保一致。如果客户希望产地证上显示A公司，可能需要调整贸易条款，例如将贸易方式改为FOB或CFR，但EXW下通常卖方不承担运输责任，提单的consigee由买方指定。

关于是否应让对方与货代公司协商，货代公司可以协助处理提单的修改，但需要确认费用和流程。如果需要修改提单上的收货人信息，通常需要通过货代公司向船公司提交变更申请。不过，在EXW情况下，提单的consigee由买方决定，卖方通常不参与，因此建议由客户（买方）与货代公司沟通，确保提单上的信息与实际收货人一致。同时，产地证上的信息应与提单一致，以避免海关问题。如果客户坚持产地证上显示A公司，而提单上显示B公司，可能需要重新考虑贸易条款，或者与巴基斯坦海关确认具体要求，但一般建议保持一致以减少风险。

总结来说，中巴FTA产地证与提单收货人不一致通常不被允许，应保持一致以符合海关要求。在EXW贸易方式下，提单的consigee通常由买方指定，产地证上的信息应与提单一致。如果客户需要修改信息，建议通过货代公司处理，并提前与巴基斯坦海关确认，以避免通关问题。确保产地证和提单上的收货人信息一致是享受FTA优惠关税的重要前提。