在处理FORM E产地证时，关于是否可以填写两个发票号，需结合实际货物情况和海关规定来分析。通常，FORM E产地证上的发票号需要与报关单、提单等单据保持一致，用于证明货物的贸易关系。如果您的货物属于同一批、同一柜子出，但分两票收款并有两份发票，理论上是否允许在同一份产地证上标注两个发票号，需参考具体操作规范。

在实际操作中，有些情况下，如果货物是同一批货物，且发票是分次开具但属于同一贸易合同，可能可以在产地证中注明“此批货物对应两份发票，具体发票号分别为XXX和YYY”，但需确保所有单据（如报关单、提单）上的发票号信息与产地证一致。不过，部分海关或检验检疫机构可能要求发票号唯一，因此建议咨询当地海关或相关机构，确认具体要求，避免因发票号问题导致产地证被拒签。

总结来说，是否能在同一份FORM E产地证上填写两个发票号，取决于货物是否属于同一批、是否满足海关对发票号的一致性要求。若确认货物为同一批且两份发票均属于该批货物，可在产地证中注明相关发票信息，但需遵循单据一致的原则，确保所有出口单据上的发票号信息匹配，以符合海关查验要求。