您遇到的情况在国际贸易中很常见。当客人下了一个较大订单，并且需要分批发货时，您可能会担心是否可以为每一批货物都办理一份原产地证明。这实际上是一个可以解决的问题，但需要了解相关规则。

首先，需要明确的是，原产地证明（通常由贸促会等机构出具）主要用于证明货物的原产地，并通常与一个特定的合同和一批货物直接关联。如果货物在运输过程中被分批发出，为了确保海关能够正确识别每批货物的原产地，通常可以为每一批货物单独办理一份证明。这被称为“分批证明”。

因此，对于您的疑问“一个合同可以做两个原产地证明吗？”，答案是通常可以。关键在于证明的“抬头”或“抬头人”是否一致。如果两份证明的抬头都是同一个客户（即您的客人），那么它们就属于同一个合同下的不同批次货物，海关可以接受多份证明。您需要向办理证明的机构（如贸促会）提供两份不同的证明，并注明这是同一合同下的两批货物。

总结来说，只要货物在运输过程中是分开的，并且每批货物的海关报关单、发票等单据信息一致，就可以为每一批货物办理独立的原产地证明。这有助于避免因货物集中报关而导致的单据不符问题，也方便了客人的后续清关流程。