根据通常的惯例和海关操作流程，FORM E中规定的“开船三天后”通常指的是从开船的次日算起，不包括开船当天。这个时间计算方式是为了确保货物在开船后有一定的时间用于清关、准备和申报。如果货物在开船当天或次日就已经准备就绪，那么“三天后”这个期限可能已经满足，但具体是否包含开船当天，需要根据当地海关的具体规定来判断。

勾选勾选后发选项（即申请办理勾选后发(ISSUED RETROACTIVELY)选项）的作用，正是允许在货物实际开船之后提交原产地证。这通常用于证明货物在开船前已完全准备好，并且符合原产地证申请的要求。例如，如果货物的开船日期是1日，那么“三天后”的截止日期通常被计算为3日（即开船后第2天）。这意味着，如果原产地证在4日提交，就可以勾选这个选项。如果截止日期是4日，那么在5日提交就需要重新考虑。

为了确保万无一失，建议您与负责处理该批货物的海关代理人或直接联系相关海关部门，以获取最准确和最新的规定。不同国家或地区的海关可能有细微差别，但上述原则通常适用。