您好，郑先生。关于您提到的FORM E产地证上发货人与提单发货人不一致的问题，这是一个很常见的疑虑。通常情况下，FORM E的发货人信息与提单上的发货人信息可以不同，但需要满足特定的条件才能确保顺利清关和退税。这主要取决于您公司在这份贸易文件中的角色。

首先，需要明确FORM E中“发货人”的通常含义。在大多数情况下，FORM E的发货人指的是产品的生产者或制造商。而提单上的发货人通常指的是出口商或卖方。如果您的工厂是实际生产该产品的单位，而您的公司是负责出口和销售的代理，那么代理将FORM E上的发货人填写为工厂名称，而提单上的发货人填写为公司名称，是完全合理的。这种情况下，国外清关部门通常不会因此产生疑问，因为它们代表的是不同的角色（生产 vs. 销售）。

然而，如果代理在办理FORM E时，将自身公司名称作为发货人，而提单上又是您的公司名称，这就会导致文件信息不匹配。虽然很多情况下清关人员可能不会立即发现并阻止货物，但这是存在风险的。例如，在退税申请中，通常要求出口商的名称与相关单据上的名称完全一致。如果FORM E上的发货人名称与您公司的发票或提单上的名称不符，可能会影响退税的审核和批准。

为了规避这种风险，您在与代理合作时，需要明确沟通并要求其提供以下证明：一是工厂的官方授权书，证明工厂授权代理公司代为申请FORM E；二是您公司对代理公司出具的委托书，明确代理公司的职责。此外，建议您要求代理在FORM E上加盖您的公司印章或提供您的公司信息作为补充，以增强文件的合法性和可追溯性。通过这些措施，可以最大程度地确保FORM E的发货人与提单发货人信息在法律和业务逻辑上保持一致，从而顺利通过清关并完成退税流程。