当出口商业发票的金额与海关报关单上的金额不一致时，贸促会（中国国际贸易促进委员会）通常不会直接为该发票提供认证。贸促会的主要职责是出具商事认证，其依据是海关出具的官方文件，即“出口货物报关单证明书”。

贸促会的认证过程严格遵循海关监管要求。如果发票金额与报关单金额不符，贸促会认证机构在审核时会发现这一差异。贸促会本身不具备更改或调整报关单数据的权限，因此，贸促会无法为金额不一致的发票出具有效的认证文件。

处理此问题的正确步骤是：首先，确保出口货物报关单上的金额与实际发票金额一致。如果确实存在不一致，应首先向出口地海关申请出具一份“出口货物报关单证明书”，并附上说明。海关在审核后，可能会要求提供相关证明材料，例如银行对账单、合同等，以核实贸易的真实性。只有当海关出具了证明书，证明金额不一致是由于特殊原因（如分批装运、预付货款等）且已获海关批准后，才可以将该证明书与发票一同提交给贸促会进行商事认证。

是的，贸促会可以代为办理公司抬头的发票认证。贸促会认证机构接受企业委托，为符合要求的商业发票提供“商事认证”服务。您可以将公司发票和海关出具的证明书提交给贸促会，由其进行审核并出具认证文件。

通常，您需要向贸促会提供以下资料：公司营业执照副本、公司公章、需要认证的商业发票正本、以及海关出具的“出口货物报关单证明书”。如果发票金额与报关单金额存在差异，您可能还需要提供额外的证明材料，例如银行对账单、合同、分批装运证明等，以说明差异的合理性，并确保贸易的真实性。

如果贸促会为金额不一致的发票出具了认证，并且该行为被查实，可能会产生严重的法律和财务后果。这通常被视为一种违规行为，可能被认定为逃税或欺诈。具体影响包括：海关或税务部门可能对您的公司进行罚款，并可能对您的企业信用记录造成不良影响。在严重情况下，甚至可能面临法律诉讼。因此，在处理此类问题时，务必确保所有单据的金额和内容完全一致，并遵循正确的海关和贸促会程序。