您的情况在进出口业务中比较常见。关于发票商会认证是否可以异地办理，关键在于认证的最终结果和认证机构的合法性。通常，商会认证是为了向进口方证明发票的真实性，以便顺利清关。如果代理机构在异地为您完成了符合国际标准的认证，并且其认证文件上盖有出口国商会或其授权机构的官方印章，那么这份认证在绝大多数情况下是有效的。这意味着，只要代理机构是正规且被认可的，其异地出具的认证文件，客人拿到后是可以被接受的。建议您在委托代理时，务必要求其提供相关的授权证明或认证流程说明，以确认其操作的合规性。