是的，完全可以办理以公司抬头的CCPIT商会认证。这种认证通常被称为“单抬头”或“企业抬头”发票，它是指发票抬头与企业的法定名称完全一致，而非使用“XX公司”等通用抬头。

关于是否需要报关单，这通常是办理此类认证的必要文件。报关单作为国际贸易的证明文件，能够为发票提供真实的贸易背景，确保其合法性和有效性。因此，在申请CCPIT商会认证时，通常需要提供与发票对应的报关单作为附件。

至于你们做出来的商会认证与本地办理的区别，主要在于流程和便利性，而非认证本身的法律效力。本地办理可能需要您亲自前往相关机构提交材料，而通过专业机构代办，可以节省您的时间和精力。不过，无论通过何种方式办理，最终获得的认证在官方效力上都是一致的，都能用于出口退税等目的。