当您在申请贸促会（CCPIT）认证时，发票金额与报关金额不符，这通常会导致申请被退回。这是因为贸促会认证的核心原则之一是确保贸易单据的真实性和一致性，即发票、报关单等文件上的信息应相互匹配。

针对您的情况，即发票金额是根据客户要求而定的，而报关金额是基于实际货值，贸促会退回申请的处理步骤通常如下：

首先，您需要明确两者金额差异的具体原因。例如，是否因为发票包含了运费、保险费等额外费用，而报关申报的是货物本身的价值？还是其他原因？

如果差异是由于发票上列明的费用（如运费、保费）与报关申报内容不符，最直接的方法是修正发票。您可以联系客户，请求其重新开具一张金额与报关金额完全匹配的发票。或者，如果原发票可以更正，请确保更正后的发票内容与报关数据完全一致。

如果无法立即修正发票，您可能需要向贸促会提供补充证明文件，以解释金额差异的合理性。例如，如果发票金额包含了运费和保险费，您需要提供运单和保险单等文件，以证明这些费用的真实性和必要性。贸促会会根据您提供的证明文件，判断金额差异是否合理。

总结来说，处理此类问题的关键在于提供清晰的解释和证明。您应与贸促会沟通，详细说明情况，并附上相关证明文件。在重新提交申请前，确保所有单据（发票、报关单、证明文件等）上的金额完全一致，这是通过认证的关键。